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如何从affymetrix下载cel文件

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CEL格式文件如何打开CEL文件CEL是什么格式的文件用什么打开

Bioconductor简介 · Bioconductor软件包下载统计 · bioconductor基础IRanges/ 全自动处理基因芯片CEL文件R程序 · bioconductor系列教程之二简单的Affymetrix  分为两个方面，第一，直接从GEO上下载表达数据，第二，直接从GEO上下载CEL文件。 首先我们来看第一种。 > library(GEOquery) > gset  下载的芯片信息是什么样子的呢？ 我把页面下面的东西给下载下来是个.cel的文件。 你应该从affymetrix公司的主页support页面里下载。 本教程将一步一步的展示如何安装R 和Bioconductor，通过GEO 数据库下载芯片数据， 对数据 文件是压缩打包的CEL（Affymetrix array 数据原始格式）文件。 芯片的注释信息随着对基因认识及序列的改变而更新，Affymetrix公司维护的芯片 解压下载的zip文件后，发现文件大小可能大了10倍，该注释文件为csv格式， Probe Set ID, Affymerix探针的ID，CEL文件和CDF文件也使用该ID描述探针，其  Affymetrix的探針proble一般是長為25鹼基的寡聚核苷酸探針總是以perfect 一般我們都是去GEO數據庫裏面知道找到CEL文件的下載地址~~~  本教程将一步一步的展示如何安装R 和Bioconductor，通过GEO 数据库下载芯片数据， 对数据进行标准化，然后对数据进行质控检查，最后查找 

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基因芯片分析，从ncbi上下载了cel，如何导入r语言进行分析。 下载完成后，打开文件管理器，在启动 R 程序的文件夹里可以看到当前文件夹下生成了一个 GSE20986 文件夹，可以直接查看文件夹里的内容： $ ls GSE20986/filelist.txt GSE20986_RAW.tar. GSE20986_RAW.tar 文件是压缩打包的 CEL（Affymetrix array 数据原始格式）文件。 表达芯片大家最熟悉的当然是affymetrix系列芯片啦，而且分析套路很简单，直接用R的affy包，就可以把cel文件经过RMA或者MAS5方法得到表达矩阵。 illumina出厂的芯片略微有点不一样，它的原始数据有3个层级，一般拿到的是 Processed data ( 示例 ), 当仍然需要一系列的 下载完成后，打开文件管理器，在启动 R 程序的文件夹里可以看到当前文件夹下生成了一个 GSE20986 文件夹，可以直接查看文件夹里的内容： GSE20986_RAW.tar 文件是压缩打包的 CEL（Affymetrix array 数据原始格式）文件。 > # 从 CEL 文件读取探针信号强度:

基因芯片（Affymetrix）分析1：芯片质量分析- 简书

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GSE20986_RAW.tar 文件是压缩打包的 CEL（Affymetrix array 数据原始格式）文件。 先解包数据，再解压数据。 这些操作可以直接在 R 命令终端中进行： GEO 上有 Affymetrix Mouse Expression 430A Array 测得的数据，四类样本，每类有3个rep，我们要依据表达水平对有差异表达的基因做聚类，请问如何：归一化，合并各探针集，过滤，normalization，得到有正有负的表达水平值（不清楚是否要这些处理，如何处理？ 下载完成后，打开文件管理器，在启动 R 程序的文件夹里可以看到当前文件夹下生成了一个 GSE20986 文件夹，可以直接查看文件夹里的内容： $ ls GSE20986/filelist.txt GSE20986_RAW.tar. GSE20986_RAW.tar 文件是压缩打包的 CEL（Affymetrix array 数据原始格式）文件。

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Microarray 基因芯片数据处理与分析- 知乎

Affymetrix SNP Arrays、Affymetrix Tilling Arrays、Nimblegen Arrays芯片数据处理只 背景噪音过滤（Noise filtering），从芯片图像中提取数据，得到CEL文件. 然后，我们看看NCBI下载的soft文件，会比较大 Human Genome U133A 2.0 Array GPL97 hgu133b [HG-U133B] Affymetrix Human Genome 

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affy 包的功能只有一个：读取 affymetrix 的基因表达芯片数据，即CEL格式文件，然后处理成表达矩阵。 先解释以下为什么这个包叫这个名字，这是因为affy其实是一个生产芯片的公司，这个公司做的芯片所产生的的数据肯定不是拿过来就能用的，不同的实验组，不同 下载完了文件以后，则基于已经下载好的文件构建GSEA运行所需要的四个文件gct、cls、gmt、chip，这几个文件构建的时候，文件名里面一定不要含有“—”连接符。 其中的gct构建得比较顺利；构建cls时，需要到上面提到的samples那里看一下别人的芯片是如何分组的，然后才能在cls表型文件里面确实如何 基因芯片分析，从ncbi上下载了cel，如何导入r语言进行分析。 下载完成后，打开文件管理器，在启动 R 程序的文件夹里可以看到当前文件夹下生成了一个 GSE20986 文件夹，可以直接查看文件夹里的内容： $ ls GSE20986/filelist.txt GSE20986_RAW.tar. GSE20986_RAW.tar 文件是压缩打包的 CEL（Affymetrix array 数据原始格式）文件。

Affymetrix 芯片数据处理流程及原理简介 版权所有，转载必究！ 本文作者:任红雷, 联系邮箱: renhongleiz@126.com 本文整理自个人汇报的PPT

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